SOLTY REI se passa num futuro pós-apocalíptico, causado pela Aurora Boreal que se expandiu pelo céu destruindo as cidades e causando o desaparecimento da filha de Roy Levant. Roy leva sua vida como caçador de recompensas, quando se mete numa grande enrascada e é salvo por uma menina andróide de extremo poder que perdeu sua memória. Depois desse encontro os dois passam a conviver juntos, e com o passar do tempo encontram novos aliados e inimigos.