xxxHOLiC conta a história de Watanuki, um garoto que é assombrado por espíritos malignos. Ele encontra uma misteriosa loja mantida por Yuuko, uma bruxa que é capaz de realizar desejos desde que se retribua com algo do mesmo valor. Assim, Watanuki pede para se livrar das assombrações e para pagar tal desejo é obrigado a trabalhar na loja de Yuuko. A história segue com várias confusões, novos clientes e muitos mistérios.