Na história, Watanuki Kimihiro é um jovem estudante que tem o dom de ver e atrair fantasmas e espíritos. Um dia, ao ser atacado por um deles, acaba entrando em uma loja e conhece a dona do estabelecimento, Ichihara Yuuko, uma estranha mulher que diz não ser coincidência o fato de ele estar lá. Aquela era uma loja onde se realizavam desejos, e ele tinha um. Porém, para que o desejo seja concedido é necessário pagar um preço semelhante. No mesmo instante, Watanuki pede para não ver mais espíritos e para conseguir pagar o preço, que é um pouco alto, aceita uma oferta de Yuuko para trabalhar com ela. A partir desse momento sua vida muda completamente. Watanuki passa a se envolver nas histórias misteriosas dos clientes de Yuuko e com ela aprende não só sobre as situações mágicas que o cercam, mas também sobre si mesmo.